طراحی بیوانفورماتیک و ساخت ایمونوژن RBD علیه اتصال ویروس SARS CoV_2 | ||
| علوم و فناوریهای پدافند نوین | ||
| مقاله 2، دوره 13، شماره 2 - شماره پیاپی 48، تابستان 1401، صفحه 79-87 اصل مقاله (1.08 M) | ||
| نوع مقاله: زیست- میکروبیولوژی | ||
| نویسندگان | ||
| امیر رضایی1؛ شهرام نظریان* 2؛ سید میرلطیف موسوی گرگری3؛ حسین سمیعی ابیانه4؛ عماد کردبچه5 | ||
| 1دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه میکروبیولوژی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران | ||
| 2دانشیار، دانشکده علوم پایه، دانشگاه جامع امام حسین(ع)، تهران، ایران | ||
| 3استاد گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شاهد، تهران، ایران | ||
| 4دانشجوی کارشناسی ارشد، مرکز زیست شناسی، دانشگاه جامع امام حسین، تهران، ایران | ||
| 5کارشناس ارشد، دانشکده علوم پایه، دانشگاه جامع امام حسین(ع)، تهران، ایران | ||
| چکیده | ||
| ویروس مسری SARS CoV_2 به سرعت در جهان شیوع پیدا کرد. این ویروس بیش از 550 میلیون نفر را در سراسر جهان آلوده کرده و منجر به مرگ حدود 7 میلیون نفر شده است. در سازوکار تهاجم ویروس، زیرواحد متصل شونده به گیرنده (RBD) از پروتئین Spike نقش مهمی در ورود ویروس به سلول میزبان دارد. در این مطالعه، با توجه به رویکردهای بیوانفورماتیکی، طراحی کاست، سازگاری کدون و پایداری پروتئین و درنهایت صحت سازه طراحی شده با بررسی بیان پروتئینی سنجیده شد. برای افزایش احتمال بیان کاست RBD، کدونهای ژنی و پارامترهای مختلف بهینه شده و تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA برای افزایش ثبات انجام گردید. ساختار پروتئین سوم نیز پیشبینی شد و کیفیت ساختارها ارزیابی شدند. اپیتوپهای خطی و فضایی تعیین شدند. پروتئین نوترکیب RBD بالاترین شاخص آنتیژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون پروتئین نوترکیب به 96/0 افزایش یافت. ساختار سوم پیشبینی شده بر اساس سرور I_TASSER کیفیت خوبی را نشان داد. تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد که ساختار پیشبینی شده پایدار است و اپیتوپهای تطبیقی و خطی در هر سه حوزه پروتئین نوترکیب مشاهده شده است. سپس سازه مورد نظر در میزبان باکتریایی بیان شد. نتایج ایمونوانفورماتیکی و بیان نشان داد سازه نوترکیب طراحی شده آنتیژنیسیته و پتانسیل تولید بالایی دارد و میمیتواند بهعنوان یک کاندید ایمونوژن علیه ویروس SARS CoV_2 در مطالعات بعدی استفاده شود. | ||
| کلیدواژهها | ||
| کاندید واکسن؛ بیوانفورماتیک؛ RBD؛ پروتئین نوترکیب؛ SARS CoV_2 | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 441 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 390 |
||